Mật Mã Hoa Hồng Vàng xoay quanh nhân vật Trinh (Kim Tuyến), khi nhỏ gia đình Trinh gặp nguy hiểm, cô may mắn được cứu và lớn lên ở một ngôi chùa Khmer. Sau đó, cô đổi tên thành Lim. Ký ức kinh hoàng khiến Lim mất trí nhớ, bị ám ảnh khi chợt thấy di vật, hình ảnh liên quan đến vụ án năm xưa.
Lim là một cô gái với vẻ ngoài xinh đẹp ngọt ngào nhưng ẩn chứa trong đó lại là nỗi ám ảnh khôn nguôi về một điều gì đó không rõ. Trong một lần quá kích động, Lim đã hồi phục trí nhớ. Sau đó, cô quyết định đi tìm em trai và những kẻ đã hãm hại gia đình mình năm xưa.
Lim có một đứa em là An Bình (Hà Kim). An Bình sau này có cuộc sống vui vẻ bên gia đình mới nhưng chưa bao giờ quên nỗi nhớ chị gái và hận thù năm xưa. An Bình vẫn luôn âm thầm tìm kiếm những manh mối để trả thù những người đã gây ra cảnh tượng khủng khiếp cho gia đình mình. Duyên phận đưa đẩy, Lim quen biết và yêu cảnh sát An Khánh (Trí Quang), cũng là anh trai trong gia đình mới của An Bình. Kể từ khi Lim xuất hiện, các vụ án mạng liên tiếp xảy ra với dấu hiệu là cành hoa hồng vàng để lại. An Khánh chịu trách nhiệm phá chuyên án sát thủ hoa hồng vàng, còn An Bình vẫn luôn giúp anh trai điều tra án mà không hề biết thân phận của Lim.
Mật Mã Hoa Hồng Vàng có cách dẫn dắt câu chuyện khá hấp dẫn về ngã rẽ của những số phận. Motif phim không mới nhưng cũng khắc họa sâu sắc quan niệm “tính cách tạo nên số phận”. Khi Lim và An Bình có cùng ký ức đau thương, cùng được cưu mang trong những môi trường hướng thiện và cùng có ý muốn trả thù; nhưng tính cách, nhận thức khác nhau dẫn đến hành động khác nhau.
Tại thời điểm phát sóng, Mật Mã Hoa Hồng Vàng đã nhận được sự quan tâm lớn của khán giả, được cho là vì diễn xuất thực lực của dàn diễn viên, kịch bản hấp dẫn cùng những cảnh quay hành động chỉn chu.